1、在液相色谱法中，使用多种溶剂作为流动相，当进行分析时所需成本高于气相色谱法，且易引起环境污染。当进行梯度洗脱操作时，它比气相色谱法的程序升温操作复杂。

2、液相色谱法中缺少如气相色谱法中使用的通用检测器（如热导检测器和氢火焰离子化检测器）。近年来蒸发光激光散射检测器的应用日益增多，有望发展成为液相色谱法的一种通用型检测器。

3、液相色谱法不能替代气相色谱法，去完成要求柱效高达10万块理论塔板数以上，必须用毛细管气相色谱法分析组成复杂的具有多种沸程的石油产品。

4、液相色谱法也不能代替中、低压柱色谱法，在200kPa至1MPa柱压下去分析受压易分解、变性的具有生物活性的生化样品。

 

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